در مورد نامگذاري سوره ها دو نظريه عمده وجود دارد:
نظريه اول : نامگذاري سوره ها توقيفي است و با صلاحديد شخص پيامير صلي الله عليه و آله نامگذاري صورت گرفته است. از جمله طرفداران اين نظريه حضرت آيت الله معرفت ره است.
نظريه دوم :نام گذاري سوره ها توقيفي نيست. بلكه از باب علم بالغلبه است. يعني در اثر كثرت استعمال توده مردم فلان نام براي فلان سوره علم شده است و معصومين عليهم السلام هم با توده ي مردم همراهي كردند. از جمله طرفداران اين نظريه حضرت استاد جوادي آملي حفظه الله است دليل ايشان به شرح ذيل است: اولا، دليلي در دست نيست كه اين سوره ها توسط معصومين عليهم السلام نام گذاري شده اند. ثانيا، بعيد است سوره اي مانند بقره كه معارفي والا و حكمتهايي عميق و احكامي فراوان در بردارد به نام حيواني و يا سوره اي مانند نمل كه معارف عميق و قصص بسياري از پيامبران را در بردارد به نام مورچه و همچنين سوره مائده كه بر اثر اشتمال آن بر « آيه ولايت» شايسته نام «سوره ولايت » است، به نام مائده ناميده شود.